为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，PCR实验室应采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。采用机械通风系统的实验室缓冲区和核心工作区内的送风口和排风口的布置应符合定向气流的原则，减少房间内的涡流和气流死角，排风口应设在室内被污染风险最高的区域，单向布置，不得有障碍，宜采用上送下排方式。
该实验区主要进行的操作为贮存试剂的制备、试剂的分装和主反应混合液的制备。试剂和用于标本制作的材料应直接运送至该区，不得经过其他区域。试剂原材料必须贮存在本区内，并在本区内制备成所需的贮存试剂。
试剂准备区为正压环境，压力为5~10pa，可以保护试剂准备不受外界污染。
该区域主要进行的操作为标本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其加入至扩增反应管和测定RNA时cDNA的合成。
标本制备区为负压环境，压力为-10pa，既可以保护人员不受有害气溶胶感染，又可以保护样本不受外界污染，还可以保护样本之间不产生交叉感染。另外，由于在操作中可能会发生气溶胶所致的污染，应避免在本区内不必要的走动。
该区域主要进行的操作为DNA或cDNA扩增。此外，已制备的DNA模板和合成的cDNA(来自标本制备区) 的加入和主反应混合液(来自试剂准备区) 制备成反应混合液等也可在本区内进行。
扩增区为负压环境，压力为-15pa。为避免气溶胶所致的污染，应尽量减少在本区内不必要的走动。个别操作如加样等应在超净台内进行。
该区域主要进行的操作为扩增片段的测定。本区是最主要的扩增产物污染来源，应为负压环境，压力为-20pa，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域。
